故事讲述了赛德克族人与日本人之间的抗争故事。莫那鲁道（林庆台 饰）率领一批英勇战斗士，计划利用地形优势和灵活战术给予日军先头部队重大杀伤。然而，日本方面，也并不好对付，陆军少将镰田弥彦率军队与警察组成的联合部队，准备迅速向赛德克族人发起讨伐。山地警小岛（安藤政信 饰）利用个人威望和部族矛盾成功劝说铁木瓦力斯（马志翔 饰）连同部落加入日军阵营，协助围攻莫那鲁道。后面，更是不惜使用糜烂姓炸弹对付赛德克人。眼前满山火光，莫那鲁道会有怎样的应变之策呢？最后的胜利又会属于谁呢？元帅府的势力仍然占据着北、中、南三个地区。东、西二区名义上已经归于相阁控制，不过网络上也有消息称，东区镇守将军童星光的妹妹童月华虽然名义上仍然归于相阁领导，但实际上，童月华所领导的东区，无论是在军事上，还是经济上都已经独立了，相阁以及首相陆明仁对东区的影响力已经微乎其微。
